Esta secção, atua como a primeira linha de defesa na erradicação de várias doenças infeciosas, como é o caso da brucelose e tuberculose. 

Minimizar a disseminação de doenças infeciosas, não só entre os animais, como dos próprios animais para as populações humanas, no caso das zoonoses, revela-se essencial numa perspetiva de “Uma só saúde”, dado que a saúde humana, animal e ambiental não devem ser consideradas independentes, mas sim tidas como parte de um todo.  a CAVAGRI apoia os produtores de carne e leite com serviços técnicos, que incluem todos os aspetos de controlo de efetivos, sanidade animal, qualidade do leite e inseminação artificial.